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2024-07-13 15:10| 来源: 网络整理| 查看: 265

在生信分析时，经常会做一下蛋白多序列比对。对于比对结果中，一些不保守的列，我们可以选择剪切掉。再进行之后的分析，比如构建进化树，进化树的构建会容易很多。

剪切序列时有一个非常好用的软件是trimAL: http://trimal.cgenomics.org/

其中有三个参数可以用来帮助我们剪切序列：

-gt 0.8 |如果某一列gap缺失率大于20%，就删除这一列

-st 0.001 |如果某一列相似性值低于0.001，就删除这一列

-cons 80 |剪切结果序列长度最低不能低于原序列长度的80%

trimal -in aligned.fa -out aligned_trimed.fa -gt 0.8 -st 0.001 -cons 80

有了这三个参数，就可以对比对结果中一些不保守的列进行剪切/删除。只保留保守的序列部分。

除此之外还有一些自动剪切模式的选择，比如：

-gappyout |根据在整个比对序列中gap的百分比数目来自动剪切

-strict |根据相似性分布来自动剪切

-automated1 |从"gap"和"strict"模式中选择最优的自动剪切模式

trimal -in aligned.fa -out aligned_trimed.fa -gappyout trimal -in aligned.fa -out aligned_trimed.fa -automated1

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